Depende sobretudo da subida, e do contexto. Se for uma subida muito inclinada... ganhas mais em pedalar de pé, dando uso á força. Se a subida for pouco inclinada, ganhas mais se pedalares sentado aumentando ligeiramente a cadência... no entanto, o que vai determinar isso é a velocidade a que sobes. Se for pouco inclinada mas subires devagar, acho que mais vale ir de pé. Embora não haja concenso nas varias opinioes sobre esse assunto. Alguns especialistas dizem que se pedalarmos a subida toda em pé, numa cadencia relativamente alta (estilo Contador) os ganhos vão ser maiores (o desgaste também). Comigo resultava nos treinos, embora depois nas corridas optá-se sempre por ir sentado a maioria das vezes, não se notando grande eficácia do treino que fazia. (talves porque fazia nas provas de forma diferente do que como treinava)
No fundo acho que depende da forma como cada um se sente melhor, mas haver um equilíbrio entre as duas posições parece-me o mais acertado.