exactamente porque entra em todo o lado, especialmente cubos e afins removendo a lubrificação.
Ou seja se passares o wd40 para limpeza e depois fores lubrificar não haverá grande problema.
Agora se usares como lubrificante, por exemplo na corrente ou nos desviadores, no longo prazo acabará por se entranhar em sítios que não deve e irá remover a lubrificação.
Os casos mais óbvios são os cubos e todas as partes com rolamentos/esferas, tais como caixa de direcção, eixos pedaleiros, roldanas, etc...