Fogueteiro, podes fazer isso com bastante facilidade no Google Maps.
O que tens de fazer é simplesmente usar os mapas personalizados. Ou seja, além das funcionalidades básicas do GMaps, na parte de mapas personalizados existem algumas ferramentas que permitem fazer exactamente o que pretendes: Uma ferramenta de linhas, uma ferramenta de formas e a mais interessante de todas, as linhas que seguem estradas, para um aspecto gráfico ainda mais interessante.
Podes depois nas propriedades, alterar o aspecto da linha para a fazer sobressair já que, por defeito, é da mesma cor da linha tradicional do gmaps já que na verdade se trata de um novo pedido de percurso em cima do já existente.
Como exemplo deixo aqui o resultado de uma situação hipotética que fiz rapidamente para demonstrar como se pode marcar um (ou mais ) troços de um determinado percurso.
É uma vertente muito interessante do Gmaps e tenho a certeza que irás utiliza-la de uma forma muito porreira!
O mapa pode ser visto em
starturl.com/gmaps
e fica assim:
Bons mapas!